Chromosom 6p22 Locus związany z klinicznie agresywnym nerwiakiem płodowym ad 5

Skrócone statystyki Eigenstrat dla pełnego zestawu danych są dostępne w repozytorium bazy danych National Institutes of Health Genotype and Phenotype (dbGAP; www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gap/cgi-bin/study.cgi . study_id = phs000124.v1.p1) (numer dostępu, phs000124.v1.p1). Trzy najwyższe SNP wykazujące znaczący związek z nerwiakiem niedojrzałym były w ścisłym powiązaniu z nierównowagą chromosomu 6p22 (rs6939340, rs4712653 i rs9295536), dając wartości P 1,71 x 10-9 do 7,01 x 10-10 (allelowy iloraz szans 1,39 do 1,40) (Rysunek i Tabela oraz Tabela S2 w dodatkowym dodatku). Dwa dodatkowe SNP na chromosomie 20p11 (rs3790171 i rs7272481) wykazały istotne dla pojedynczego markera wartości P dla genomewidu, a wiele innych było bardzo zbliżonych do progu istotności dla progów genowych (figura 1). Jednak tylko wyniki badania asocjacji chromosomu 6 zachowały znaczenie dla całego genomu po dalszej korekcie dla podstruktury populacyjnej przy użyciu analiz głównych składowych zaimplementowanych w Eigenstrat 22, 23 (Tabela 1). Sygnał na chromosomie 6 mieści się w bloku sprzężenia-nierównowagi 94,2 kb zawierającego przewidywane zachodzące na siebie geny FLJ22536 i FLJ44180 (Figura 2). Tabela 2. Tabela 2. Wyniki badań replikacji związku chromosomu 6. Następnie poszukiwaliśmy replikacji sygnałów asocjacyjnych chromosomów 6p22 i 20p11 w trzech oddzielnych parach pacjentów z nerwiakiem zarodkowym i osobnikami kontrolnymi. Jak pokazano w Tabeli 2, allele ryzyka w chromosomie 6 zidentyfikowanym w fazie odkrywania były również znacząco nadreprezentowane we wszystkich trzech grupach pacjentów z nerwiakiem niedojrzałym w porównaniu z osobnikami kontrolnymi, co daje połączoną wartość P i stosunek szans allelicznych dla najsilniej związanego SNP. rs6939340 odpowiednio 9,33 × 10-15 i 1,37 (przedział ufności 95%, 1,27 do 1,49). Nie obserwowaliśmy replikacji związku między allelami w chromosomie 20 i nerwiakiem zarodkowym (zidentyfikowanym w kohorcie odkrywania) w trzech seriach przypadków replikacji (tabela S3 w dodatkowym dodatku).
Rycina 3. Rycina 3. Allele ryzyka na chromosomie 6p22 związane z bardziej złośliwym fenotypem nerwiaka zarodkowego. Rozkłady częstości genotypów (homozygotyczne G [GG], heterozygotyczne AG lub homozygotyczne A [AA]) pacjentów sklasyfikowanych według trzech zmiennych klinicznych i osobników kontrolnych pokazano dla polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) rs6939340, wraz z wartościami P testy alleliczne między podgrupami klinicznymi oraz między każdym z nich a kontrolami. Podobne wyniki uzyskano dla SNPs rs4712653 i rs9295536. W szczególności, pacjenci przypisani do grupy wysokiego ryzyka (panel A), z nowotworami, które niosą amplifikację MYCN (panel B), i z chorobą stopnia 4 (panel C) byli bardziej prawdopodobnie homozygotyczni pod względem ryzyka allelu C w rs4712653, A w rs9295536 i G w rs6939340 (patrz tabele S4 i S5 w dodatkowym dodatku).
Aby ustalić, czy trzy implicite SNP na chromosomie locus 6p22 były różnie związane z podgrupami pacjentów i wynikiem, przeanalizowaliśmy ich częstość występowania zgodnie z prognostycznie istotnymi klinicznymi i biologicznymi współzmiennymi obecnymi przy diagnozie i współczynniku przeżywalności wśród pacjentów w serii przypadków z Children s Oncology Group.
[hasła pokrewne: falvit forum, prawo i medycyna czasopismo, labmed ]

Powiązane tematy z artykułem: falvit forum labmed prawo i medycyna czasopismo