Chromosom 6p22 Locus związany z klinicznie agresywnym nerwiakiem płodowym cd

Końcowa grupa replikacyjna 59 niepowiązanych osób z neuroblastomem wysokiego ryzyka została rekrutowana z protokołów Children s Cancer Group z USA w latach 1990. 2 Próbki DNA kontrolnego z grupy dzieci z nowotworem pochodziły z wymazów z policzków (otrzymanych w celu uzyskania anonimowych zasoby genetyczne) od 162 niepowiązanych osób pochodzenia europejskiego zamieszkałych w Los Angeles w latach 2000-2001. Pisemną świadomą zgodę uzyskano od wszystkich uczestników, a badanie zostało zatwierdzone przez instytucjonalną komisję egzaminacyjną każdego centrum uczestniczącego, a także przez Radę Naukową i Komitet Chorób Neuroblastoma z Children s Oncology Group oraz Cancer Therapy Evaluation Program w National Cancer Institute.
Genotypowanie
Szczegóły metod genotypowania genomów zostały opisane w innym miejscu 20,21. Opisy tych metod wraz z metodami genotypowania replik za pomocą opartych na reakcji polimerazy testów dyskryminacji allelicznej są zawarte w dodatkowym dodatku, dostępnym wraz z pełnym tekstem ten artykuł na www.nejm.org.
Analiza statystyczna
Dane genotypu genomewidu od początkowych 1251 pacjentów z nerwiakiem zarodkowym i 2236 osób wolnych od choroby w fazie wykrywania były filtrowane na podstawie wcześniej określonych kontroli jakości. Poszczególne SNP zostały wyłączone z dalszej analizy, jeśli wykazywały odchylenie od równowagi Hardy ego-Weinberga z wartością P mniejszą niż 0,001, indywidualną wydajność genotypu SNP mniejszą niż 98%, lub częstość mniejszego allelu mniejszą niż 5%. To filtrowanie spowodowało użycie 464,934 SNP w kolejnych analizach. Łącznie 33 próbki (od 23 pacjentów z przypadkami i 10 osób kontrolnych) miały wydajność genotypu mniejszą niż 90% i zostały usunięte. Ponieważ próbki przypadków były naliczane w całym kraju, podczas gdy zestaw kontrolny był rekrutowany lokalnie w Filadelfii, przeprowadziliśmy analizy głównych składników w celu zidentyfikowania próbek odstających w celu zmniejszenia skutków stratyfikacji populacji.22,23 Analizy te spowodowały usunięcie 379 próbek (z 196 pacjentów z przypadkami i 183 osobami kontrolnymi), co dało 1032 pacjentów i 2043 pacjentów z grupy kontrolnej dla serii przypadków fazy odkrywania. Ocena tych 3075 osób przy użyciu markerów pochodzenia przodków dostępnych w Human BeapChip HumanHap550 wskazała na europejski pochodzenie we wszystkich poza dwoma osobnikami; te 2 osoby pozostały w analizie.24 Pacjenci z nerwiakiem zarodkowym byli reprezentatywni dla spodziewanego rozkładu klinicznych i biologicznych współzmiennych obserwowanych u pacjentów z nerwiakiem zarodkowym w populacji ogólnej (Tabela S1 w dodatkowym dodatku) .1,19
Podstawowe testy statystyczne dotyczące asocjacji w serii przypadków fazy odkrywania zostały przeprowadzone przy użyciu pakietu oprogramowania PLINK.25. Uważamy konserwatywnie, że 1.0 × 10-7 jest progiem dla znaczenia dla genomu, ponieważ nieznacznie mniej w analizie wykorzystano ponad 500 000 SNP (0,05 ÷ 500,000 = 1,0 × 10-7). Analizy pojedynczych markerów dla danych genomewidów przeprowadzono przy użyciu testu chi-kwadrat na podstawie różnic w liczbie alleli między 1032 pacjentami z przypadkami a 2043 osobami kontrolnymi i testem Cochran-Armitage dla tendencji na częstotliwościach genotypowych
[patrz też: przychodnia szczęśliwicka, instagram kraseczka, nifco żory ]

Powiązane tematy z artykułem: instagram kraseczka nifco żory przychodnia szczęśliwicka