Chromosom 6p22 Locus związany z klinicznie agresywnym nerwiakiem płodowym czesc 4

Allelic odds ratio i odpowiadające im 95% przedziały ufności zostały obliczone dla analiz asocjacyjnych. Dodatkowo, w celu dalszej kontroli potencjalnego zakłócającego wpływu stratyfikacji populacji, przeprowadziliśmy analizy asocjacyjne po korekcie dla podstruktury opartej na analizie głównych składników zaimplementowanej w Eigenstrat.22,23 Dla każdego SNP używaliśmy domyślnych ustawień w programie i wykonaliśmy zmodyfikowany test trendu Cochran-Armitage, dostosowując go do pięciu głównych komponentów, 22, 23 i raportujemy wynik jako wartość E wartości. Rysunek S1 w dodatkowym dodatku pokazuje wykresy kwantowania kwantylowego przed i po korekcie. Spośród 1032 pacjentów włączonych do serii przypadków fazy odkrywania, dane kliniczne i biologiczne współzmienne uzyskiwane podczas diagnozy były dostępne dla większości osób (Tabela Pełne dane dotyczące wyników były dostępne dla 883 pacjentów (85,6%), z medianą czasu obserwacji wynoszącą 4,02 roku dla pacjentów bez zdarzeń. Analizy asocjacyjne SNP chromosomu 6p22 o charakterystyce klinicznej wykonano za pomocą testu chi-kwadrat na allelu i liczebności genotypu. Analizy te przeprowadzono również dla wyniku, porównując krzywe przeżycia Kaplana-Meiera za pomocą testu log-rank w parach.
Wyniki
Ryc. 1. Ryc. 1. Wyniki Fazy Odkrycia Studium Stowarzyszenia Neuroblastoma Genomewide. Oś y przedstawia poziom istotności dla każdego polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (wartości P transformowane logem) w względnej pozycji genomowej na każdym chromosomie wzdłuż osi x od krótkiego ramienia (po lewej) do końca długoramiennego (prawe ). Czarna linia wskazuje próg istotności dla całego genomu.
Tabela 1. Tabela 1. Wyniki Fazy Odkrycia Studium Stowarzyszenia Neuroblastoma Genomewide dla osób chorych i kontrolnych. Rycina 2. Rycina 2. Wykres równowagi sprzężonej pary (LD) locus 6p22 i wyniki analiz asocjacyjnych dla regionalnych polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP). Wykres pokazuje obszar 290.98-kb od rs12207699 do rs9393266, z parami LD obliczonymi z zestawu danych fazy odkrycia i połączonych zestawów danych sterujących (mierzonych za pomocą współczynnika LD D ). Indywidualne wartości P transformacji logarytmów SNP są nanoszone w stosunku do diagramu LD, który został utworzony przy użyciu oprogramowania Haploview.26 Trzy SNP pokazujące sygnał genomewidu znaczącej asocjacji (czerwona linia pozioma) są opisane (r2 wynosi 0,873 dla SNP rs4712653 i rs9295536 i 0,731 dla SNPs rs9295536 i rs6939340) i odwzorowuje w bloku LD o 94,2 kb, ograniczonym przez SNPs rs196051 i rs10498705 (przerywane linie pionowe). Wszystkie SNP są również przypisane do ich względnych pozycji na fizycznej mapie (w oparciu o bazę danych Narodowego Centrum Informacji o Biotechnologii, kompilacja 36), z przewidywanymi genami w pokazanym regionie (eksony i transkrybowane sekwencje są oznaczone pełnymi pionowymi liniami).
Aby zidentyfikować warianty sekwencji, które są związane z podatnością na rozwój nerwiaka niedojrzałego, porównaliśmy częstości pojedynczego markera i częstości genotypów w naszych seriach przypadków fazy odkrywania, stosując statystyki oparte na analizie chi-kwadrat i teście trendu Cochran-Armitage
[podobne: gedia nowa sól, instagram kraseczka, altacet zel ]

Powiązane tematy z artykułem: altacet zel gedia nowa sól instagram kraseczka